Chibuya. Une jeune lycéenne, Chisa Yomoda, est retrouvée morte dans le quartier. C'est un suicide : elle aurait sauté dans le vide, se donnant la mort. Lain Iwakura est elle aussi une jeune lycéenne, dans le même lycée que Chisa. Lorsqu'elle arrive à son lycée, elle aperçoit son amie Julie (Juri) pleurant sur mon bureau. Alice, sa meilleure amie, vient alors la voir, et lui demande si elle a elle aussi reçu le mail de Chisa Yomoda. Lain, n'étant pas particluièrement douée en informatique, n'a pas vérifié si elle avait reçu ce mail, d'une fille suicidée auparavant... Mais comment a-t-elle pu envoyer des mails si elle est morte? En rentrant chez elle, elle vérifie alors son Navi (après une longue hésitation), et s'aperçoit qu'elle a elle aussi reçu le mail de Chisa! En le lisant, Lain découvre que Chisa n'est pas vraiment morte : "Je n'ai perdu que mon corps", et que dans le Wired, elle continue de vivre. Puis elle dit que dans le Wired, il y a Dieu... Lain va alors entamer des recherches qui l'amèneront à des découvertes extraordinaires. Je ne vous en dis pas plus, à vous de découvrir Lain avec vos propres yeux...